公司源于1969年7月创建的中国人民解放军兰字910部队制药厂，1978年更名为甘肃省国营祁连山制药厂，2006年响应省委省政府号召，改制为甘肃祁连山药业有限公司，2014年2月整体改制为甘肃祁连山药业股份有限公司。
祁药股份是集原料药、制剂、中药提取物、肝素钠、肠衣、药包材、生物有机肥、蛋白粉及多种农副产品生产销售为一体的综合性高科技制药企业，现下辖成都祁连山生物科技股份有限公司、酒泉启明生物科技有限公司、酒泉阿含生物科学有限公司、西藏仓门贸易有限公司等全资或控股子公司，主要生产抗生素原料药、固体制剂、中药提取物、肝素钠粗品、肠衣、药包材、生物有机肥、抗（抑）菌产品、消毒产品等，并从事生物科学研究、生物制品研发、医药技术研发，经营本企业自产产品以及各种原料药、中间体、中药材、化工产品、兽用原料药及技术和中药材及中成药品的国内外贸易。“祁连山”、“甘帝欣”商标为国内知名品牌、甘肃省著名商标。
公司于2010年被评为甘肃省民营企业100强，2014年被评为甘肃省私营企业50强，并通过新版GMP认证，2015年6月升级为甘肃省循环经济示范企业，2015年12月被认定为省级企业技术中心，2016年被评为中国石油和化工优秀民营企业，2017年11月被认定为国家级高新技术企业和甘肃省专精特新中小企业，2018年12月被认定为甘肃省战略性新兴产业骨干企业。现为甘肃省陇药产业协会副会长单位、酒泉市环保产业协会副会长单位、西北天然药物产业技术创新战略联盟副理事长单位、中国麻醉药品协会理事单位、中国中药协会甘草专业委员会理事单位、甘肃省药学会常务理事单位、甘肃省企业质量信用等级评价“AAA级企业”。公司已形成多产业并举、产品结构日益完善和循环经济综合利用发展新格局。