墨玉县人民医院始建于1951年，是本县唯一的县级综合性二级甲等医院，担负着全县各族干部群众的预防、保健、医疗、公共突发事件救治等重任。编制床位650张，开放床位1000张；全院职工1150人。担任新疆医学会各专业委员会委员18名，辐射到20多个学科。医院设置23个行政职能部门、23个临床科室和8个医技科室，有独立的门诊部和体检中心，手术室12间，医共体单位23个。医院一级、二级学科基本齐全，所提供医疗服务项目基本满足二级医院临床科室基本诊疗技术标准和医技科室基本技术项目，医院整体专业技术水平和能力能够基本满足区域内常见病、多发病的诊疗需求。
2017年7月医院在政府的大力支持下搬入新院区，医院总占地面积66664.8平方米。主要建筑有门急诊医技楼一栋、住院楼五栋，总建筑面积达5万余平方米，医院拥有64排CT、DSA、彩超、电子腹腔镜、等离子宫腔镜、支气管镜、胆道镜、电子胃镜、结肠镜、混合动力碎石清洗系统、LEEP刀、等离子电切镜、肺功能仪、脑电图机、生化分析仪、血球分析仪、全自动细菌鉴定仪、血气分析仪等各类专业所需的大中型医疗设备。
在各级领导的关心和大力支持下，墨玉县人民医院于2017年10月被新疆医科大学全面托管，并选派优秀的托管团队对医院进行全面管理，同时医院还有北京、兵团各大医院管理和医疗专家进行对口帮扶，医院前景光明，发展迅速。