克孜勒苏中医医院建筑规模12229.34㎡，建设规模为225张床位。设立中医科（内科专业、妇产科专业、皮肤科专业、儿科专业、老年病科专业、康复医学专业、肛肠科专业、针灸科专业、推拿科专业、预防保健科专业）、急诊科、预防保健科、外科（普通外科专业、骨科专业、泌尿外科专业）、内科（心血管专业、呼吸内科专业、消化内科专业、老年病专业）、儿科（新生儿专业、小儿消化专业、小儿呼吸专业）、妇产科（妇科专业、产科专业、计划生育专业、优生学专业、生殖健康与不孕症专业）、皮肤科（皮肤病专业、性传播疾病专业）、耳鼻喉科、眼科、口腔科、麻醉科、疼痛科、医学检验科（临床体液、血液专业、临床生化检验专业、临床免疫、血清专业）、医学影像科（X线诊断专业、CT诊断专业、超声诊断专业、心电诊断专业）、康复医学科、中西医结合科等。
克孜勒苏中医医院是南疆地区唯一一家二级非营利性中医综合医院,是江西医疗卫生援助医院。医院配备了国内领先的沈阳东软DR、16排CT机、飞利浦彩超（四维）、迈瑞全自动生化仪、迈瑞全自动五分类血液细胞分析仪、美国贝克曼发光仪、普利生全自动血凝仪、中健动态心电血压仪等等医疗设备，同时安装了大型污水处理系统、中央空调系统、中心供氧系统、病患呼叫系统、HIS系统等基础设施，同时还投入大量资金建设了三个层流净化手术室，这些设备设施为开展高质量的诊疗活动奠定了坚实的基础。
克孜勒苏中医医院秉承“您健康 我开心”“患者需求至上”的服务理念，我们将持续为克州各族群众提供更好更优质的服务，为克州各族群众的身心健康保驾护航。