新疆生产建设兵团第十三师位于新疆哈密地区，是连通新疆与内地的咽喉，更是连接全国和亚欧大陆的重要枢纽，镶嵌在哈密市一区两县版图内，东倚甘肃酒泉地区，西邻吐鲁番地区和昌吉回族自治州，南接巴音郭楞蒙古自治州，北与蒙古国接壤。南北宽270公里，东西长297公里，总面积9985.442平方公里。
截至2014年，新疆生产建设兵团第十三师下辖8个农牧场（红星一场、红星二场、红星四场、火箭农场、红山农场、黄田农场、柳树泉农场、淖毛湖农场），总人口95924人，以汉族为主，少数民族有维吾尔族、壮族、瑶族等。
新疆生产建设兵团第十三师（简称十三师）是一支具有光荣历史的部队，它的前身是中国人民解放军第6军第16师。这支部队的起源可以追溯到在土地革命战争时期，主要包括：1934年10月组建的红一方面军红1军团直属侦察连（其大部分战士参加过南昌起义），鄂豫皖苏区的红25军75师225团（这支部队最初是由1932年组建的鄂东北地方游击队——特务第4大队发展而来的）和陕北红28军（由绥（德）吴（堡）战斗团、米（脂）西游击师和清涧红4团于1935年12月合编而成）。
1937年“七七事变”后，原红1军团骑兵团（其前身为直属侦察连）改编为八路军115师骑兵团。原红15军团75师225团改编为八路军115师344旅688团3营。原红28军缩编为八路军120师358旅716团2营。
1943年10月，党中央决定从冀鲁豫军区抽调五个团及回民支队组成冀鲁豫支队，从晋察冀军区抽调六个团组成晋察冀支队进驻陕甘宁边区。1944年4月，两支部队先后到达陕北后，冀鲁豫支队改编为教导第1旅，晋察冀支队改编为教导第2旅。1945年9月，教导第1旅、第2旅奉令抽调部分部队开赴东北、华北。10月10日，两个旅留下的部队合编为陕甘宁晋绥联防军教导旅（这便是16师的前身）。1947年10月为西北野战军第6纵队教导旅。
1949年1月，中国人民解放军统一改变番号和编制，第6纵队改称中国人民解放军第1野战军第2兵团第6军，教导旅改为第16师。是年11月4日，中国人民解放军第6军奉命由第2兵团转隶第1兵团建制，第16师顺归第1兵团建制，进驻新疆哈密。其所辖48团驻哈密县，47团驻鄯善县和吐鲁番县，46团驻巴里坤县和伊吾县。
1953年6月5日，16师整编为中国人民解放军新疆军区农业建设第五师。1954年10月7日，新疆军区生产建设兵团成立，中国人民解放军农业建设第五师顺归新疆军区生产建设兵团建制。
1957年1月，兵团下发《关于改编农五师组织机构及调整人员编制的命令》，决定撤销农五师成立红星农场（副师级）。1959年1月，兵团恢复农五师建制。
1963年2月，农五师师部奉命由哈密西迁博乐后，在哈密成立管理处，全称为新疆军区生产建设兵团农五师哈密管理处（简称哈管处）。1969年4月，哈管处移交兵团后勤部管辖。1973年1月，哈管处由兵团直接领导。
1975年3月25日，新疆军区生产建设兵团建制撤销，兵团哈管处建制随之撤销。5月26日，哈管处交哈密地区管辖，成立哈密地区农垦局。
1982年4月1日，根据中共中央、国务院、中央军委1981年12月3日《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》和新疆维吾尔自治区党委《关于恢复新疆生产建设兵团有关问题的通知》，新疆生产建设兵团哈密农场管理局（简称兵团哈管局）（副师级）恢复建制。
2000年11月，根据中央编委《关于新疆生产建设兵团乌鲁木齐农场管理局等更名的批复》，哈密农场管理局更名为新疆生产建设兵团农业建设第十三师（简称兵团农十三师）（正师级）。2001年1月，农十三师正式成立。
2012年10月，经中央批准，兵团13个农业师由“新疆生产建设兵团农业建设第某师”更名为“新疆生产建设兵团第某师”。即新疆生产建设兵团农业建设第十三师更名为新疆生产建设兵团第十三师（简称十三师）。更名后的突出特点就是去掉了“农业建设”字样。这标志着兵团发展进入到新时期新阶段，反映了兵团经济结构同过去相比已经发生了重大变化，从以农业经济为主转变为一、二、三产业全面发展的新的经济格局。